지옥같은 소나교도소로 돌아온 마이클, 다시 탈옥을 감행하다. 새라의 총에 컴퍼니의 고위급 간부 킴벨이 죽은 후 마이클은 악명 높기로 유명한 소나 교도소로 잡혀오게 된다. 프리즌 브레이크 시즌 3의 가장 큰 소득은 바로 마이클의 최초 목적인 형 마이클 링컨의 살인누명을 벗은 것이다. 이로인해 링컨은 살인 누명을 벗고 사면된다. 하지만 스코필드 형제의 행복은 짧게 끝나고, 아버지의 복수를 위해 컴퍼니에게 도발을 한 마이클 스코필드는 소나교소에 투옥된 것이다. 마이클은 자신이 악명높은 소나 교도소에 투옥된 배경에 컴퍼니가 있음을 알게 된다. 소나교도소의 수감생활은 처참하기 이루 말할 수 없다. 소나 교소도의 죄수들은 폭동으로 교도관이 철수되어, 소나 교도소의 우두머리인 레체로에 의해 지배된다. 다행히도 명석한..
